この記事を参考にしただけなんですが、keymap.cに以下のコードを追加しました。

#include "pro_micro.h"

void matrix_init_user(void) {
  TXLED0;
  RXLED0;
}

void matrix_scan_user(void) {
  TXLED0;
  RXLED0;
}

確かにdrivers/avr/pro_micro.hに書いてるので、とりあえずはこれで。 ドキュメントにも書いてる関数もこの程度で十分そうなので、これで良さそうかな。